Il Museo nazionale etrusco di Marzabotto nacque come diretta conseguenza alle prime campagne di scavo affidate a Giovanni Gozzadini, finanziate dai conti Aria, allora proprietari dell’intero Pianoro di Misano.
Il nucleo iniziale si arricchì poi negli anni successivi grazie alle campagne di scavo che portarono alla luce una cospicua quantità di materiali.
La prima sala è stata allestita con l’intento di offrire un inquadramento geografico e geologico della Valle del Reno e dell’area di Marzabotto esponendo campioni d’argille, pietre usate per la costruzione e reperti faunistici. Le restanti vetrine della sala contengono i pochi materiali superstiti dell’incendio che danneggiò il Museo nel 1944, tutti provenienti dalle necropoli nord ed est, e i disegni delle uniche oreficerie rinvenute a Marzabotto, rubate nel 1911. Data la scarsa documentazione di scavo relativa alle due necropoli, non fu possibile ricostruire filologicamente i corredi tombali, e il criterio espositivo adottato fu dunque per classi di materiali. I corredi erano in genere costituiti da vasi attici a figure rosse, vasellame prodotto localmente, oggetti in osso e ambra, unguentari in alabastro, paste vitree, suppellettili di bronzo come specchi, fibule e bronzetti, tra cui si segnalano due bronzetti che fungevano da cimase di candelabro rappresentanti una figura negroide con anfora sulla spalla e una riproduzione di un guerriero e di una donna in atto d’offerta.
Al di fuori delle vetrine sono visibili cinque segnacoli funerari, distinti per forma e materiale dai semplici ciottoli fluviali usati nella maggior parte delle sepolture. Quattro sono, infatti, i cosiddetti cippi a cipolla, mentre il quinto segnacolo, proveniente dal sepolcreto est, è costituito da una stele figurata – l’unica rinvenuta a Marzabotto – su cui è scolpita la defunta eroizzata, collocata su podio.
Nella seconda sala è esposto sia materiale proveniente dagli scavi più vecchi avvenuti in abitato come vasellame d’importazione e di produzione locale, frammenti di parapetti cilindrici da pozzo e una gran quantità d’oggetti d’uso quotidiano come rocchetti, fusaiole e pesi in pietra riferibili alle attività di filatura e tessitura sia materiali provenienti dall’acropoli e dal santuario fontile, in particolare statuette di devoti in bronzo, ex voto anatomici e vasellame locale.

La terza grande sala mostra un’ampia campionatura d’elementi di decorazione architettonica: tegole dipinte a motivi geometrici e vegetali, antefisse rinvenute sia in acropoli sia in area urbana e il rivestimento fittile di una colonna. Di particolare interesse per l’archittettura domestica di V secolo a.C. sono le ricostruzioni parziali di tetti con tanto d’impluvio e lucernario, e la ricostruzione di fondazioni di ciottoli a secco su cui è posata una conduttura di tubi fittili.
Al centro della sala si trova la bella testa di kouros di marmo pario rinvenuta in una canaletta della strada A, con pettinatura resa con piccoli boccoli e volto realizzato a grandi volumi arrotondati, forse prodotta in area ionica attorno al 500 a.C. e importata in Etruria padana dal porto di Spina. Essa testimonia assieme ad una testa d’efebo, perduta, una consistente importazione di marmi dalla Grecia.
Le restanti vetrine contengono materiali connessi con le attività produttive dell’area: matrici per plasmare l’argilla e vasellame di vario genere proveniente dagli scavi delle fornaci e oggetti provenienti dall’officina di fusione del bronzo, tra cui matrici, fibule, chiodi e numerose scorie di lavorazione.
Inoltre sono esposti reperti provenienti dalle case: tenaglie (da ricollegare all’attività metallurgica esplicata in piccole officine all’interno delle case) fibule, bronzetti, elementi di mobilio, gioielli, e numerosi vasi di piccole e grandi dimensioni.
Le ultime vetrine sul fondo della sala testimoniano le vicende di Marzabotto successive alla fase etrusca ovvero la fase gallica e quella romana.
L’ultima parte del Museo raccoglie i corredi completi di due tombe ad inumazione, scavate a Sasso Marconi, e un nucleo di rinvenimenti sporadici della Valle del Reno.